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Les oiseaux :
 L’archipel constitue une étape obligatoire dans la migration de certains migrateurs qui trouvent sur la côte, les lacs, les ilôts, des refuges pour se reposer et nidifier.
Parmi ces espèces on trouve notamment le sterne (garajau comum et garajau rosado) et le puffin du Cap-Vert (cagarro). Le Garajau est une espèce protégée qui arrive fin avril aux Açores pour repartir à la fin de l’été vers les côtes africaines. Oiseau marin emblématique des Açores, le cagarro passe ses journées en mer où on peut facilement l’observer posé sur l’eau en grandes bandes, mais à la fin de la journée il se réfugie sur les falaises au dessus desquelles il tournoie en poussant des cris surprenants, évoquant un gémissement ou des lamentations gutturales. Entre mai et septembre, près des côtes la nuit, leurs cris constituent une toile de fond sonore que l’on ne peut pas manquer, principalement sur les îles de Faial, Pico, et São Jorge.
Outre les oiseaux marins, on peut aussi apercevoir d’autres espèces comme le pluvier, le héron, le merle noir, le pigeon ramier, la caille, le milan..
A noter l’une des rares espèces endémiques, le priôlo ou bouvreuil des Açores, présent dans la partie est de l’île de São Miguel dans le complexe montagneux de la Serra da Tronqueira. Espèce menacée, elle fait aujourd’hui l’objet d’une campagne de protection via le projet européen LIFE Priolo.
Poissons et cétacés.
La mer des Açores, avec ses centaines d’espèces de poissons, de mollusques et la présence de grands cétacés et de dauphins, est un véritable aquarium vivant pour les amateurs d’ observation sous marine. Les fonds sous marins regorgent de vie, on y rencontre toute la faune européenne, sar, mérous, vieilles, mostelles etc... Mais ce qui surprend c'est l'énorme taille des poissons et leur quantité. Cette faune cohabite avec des espèces tropicales telles que : barracudas, sérioles, wahoos,tassergals, daurade coriphène et bien d'autres.
En saison, on peut rencontrer les gros thons rouges et les marlins. Les eaux des Açores sont considérées notamment comme l’un des meilleurs "spots" mondial pour les mammifères marins par la diversité des espèces rencontrées et la fréquence des observations.
24 espèces sont recensées dans l'archipel : 10 de dauphins, 7 de baleines à fanons, 3 de baleines à dents et 4 de baleines à bec. L’abandon de la chasse au cachalot et le développement du tourisme ont favorisé le « whales watching » ou l’observation des cétacés, l’une des activités les plus touristiques de l’archipel. Le pionnier et principal acteur dans ce domaine est l’Espaço Talassa à Lajes do Pico qui possède aussi une importante base de donnée recensant la colonie de dauphins et de baleines qui fréquentent ces eaux.
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